szpilkowe typu tajgi, w pn. Honsiu lasy zrzucające liście na zimę (gł. buki zw. buna, biały dąb, kasztanowiec, klony), na pd. Honsiu, w Sikoku i Kiusiu wiecznie zielone lasy podzwrotnikowe (dęby, czerwona i czarna sosna jap., jodła zw. momi, bambusy) i na archipelagu Riukiu lasy zwrotnikowe. W górach piętrowy układ roślinności, ponad lasami liściastymi górskie lasy iglaste (gł. świerkowo-jodłowe), wyżej zarośla subalp. i roślinność alpejska. Bogata flora Japonii (ok. 5 tys. gat. roślin naczyniowych) ma w znacznym stopniu charakter reliktowy (trzeciorzędowy). Liczne parki nar. i rezerwaty (m.in. Seto-Naikai, Fudżi, Aso-san). Gleby. W Japonii przeważają słabo wykształcone gleby górskie; w pd. części kraju gleby tropik., m.in. czerwonoziemy i żółtoziemy, w środk. brunatne (niz. Kanto) ze znacznym udziałem gleb wytworzonych z popiołów wulkanicznych oraz gleb glejowych, w części pn. gleby bielicowe i torfowe.